Instytucja Zarządzająca, na podstawie art. 14 ust. 1 Rozporządzenia nr 1080/2006, po konsultacji z państwami członkowskimi objętymi działaniem PWT, powołuje Wspólne Sekretariaty Techniczne, którym deleguje część swoich zadań. Zgodnie z art. 12 Rozporządzenia nr 1828/2006, powierzenie przez IZ wykonywania części zadań następuje w drodze formalnego porozumienia.
Zgodnie z powyższym Instytucja Zarządzająca zawarła 19 lutego 2008 r. pisemne porozumienie z Fundacją „Fundusz Współpracy”, które określa zakres powierzonych zadań oraz szczegółowo przedstawia obowiązki WST.