Instytucja Audytowa jest odpowiedzialna za wykonywanie zadań opisanych w Rozporządzeniu nr 1083/2006. Do zadań tych należy w szczególności:
-
zapewnienie prowadzenia audytów w celu weryfikacji skutecznego funkcjonowania systemu zarządzania i kontroli programu operacyjnego;
-
zawnienie prowadzenia audytów operacji na podstawie stosownej próby w celu weryfikacji zadeklarowanych wydatków;
-
przedstawienie KE strategii audytu w terminie dziewięciu miesięcy od zatwierdzenia programu operacyjnego, nie później niż 20 września 2008;
-
przedstawianie KE sprawozdania z audytu zgodności w ciągu dwunastu miesięcy od zatwierdzenia programu, nie później niż 20 grudnia 2008;
-
przedkładanie KE rocznego sprawozdania audytowego, przedstawiającego wyniki audytów przeprowadzonych w okresie poprzednich 12 miesięcy, zakończonych 30 czerwca danego roku, do 31 grudnia każdego roku w latach 2008 – 2015;
-
przedkładanie KE do 31 grudnia każdego roku w latach 2008 – 2015 opinii, na podstawie kontroli i audytów przeprowadzonych na jej odpowiedzialność, w kwestii tego, czy, system zarządzania i kontroli funkcjonuje skutecznie, tak aby dawać racjonalne zapewnienie, że deklaracje wydatków przedstawione KE są prawidłowe, oraz aby dawać tym samym racjonalne zapewnienie, że transakcje będące ich podstawą są zgodne z prawem i prawidłowe;
-
przedkładanie KE, w stosownych przypadkach zgodnie z art. 88, deklaracji częściowego zamknięcia zawierającej ocenę zgodności z prawem i prawidłowości danych wydatków;
-
przedłożenie KE, nie później niż 31 marca 2017 r., deklaracji zamknięcia, zawierającej ocenę zasadności wniosku o wypłatę salda końcowego oraz zgodności z prawem i prawidłowości transakcji będących podstawą wydatków objętych końcową deklaracją wydatków, do której dołącza się końcowe sprawozdanie audytowe.
Rezultaty z audytów przeprowadzanych przez audytorów krajowych są raportowane do Instytucji Audytowej, która raportuje bezpośrednio do KE. Raporty audytowe są przekazywane równocześnie do Instytucji Zarządzającej i Certyfikującej.
Grupa Audytorów
Państwa uczestniczące w Programie nie zdecydowały, aby wyznaczona dla Programu Instytucja Audytowa była upoważniona do bezpośredniego wykonywania swoich zadań na terytorium wszystkich krajów uczestniczących w Programie. W związku z powyższym Instytucja Audytowa będzie wspierana przez Grupę Audytorów, która została utworzona zgodnie z art. 14(2) Rozporządzenia nr 1080/2006. Wszystkie Państwa Członkowskie wyznaczyły swoich przedstawicieli do Grupy, pracującej zgodnie z przyjętym Regulaminem (Rules of procedures). Grupa Audytorów jest jedyną instytucją podporządkowaną Instytucji Audytowej.
Przeprowadzanie audytów na terenie własnego kraju pozostaje obowiązkiem każdego z Państw Członkowskich, uczestniczących w Programie. Każde Państwo Członkowskie wyznacza krajowych audytorów, którzy przeprowadzą audyt na ich terenie. Audytorzy ci są reprezentowani przed Instytucją Audytową przez członków Grupy Audytorów, wyznaczonych przez każde państwo.
Audytorzy krajowi nie są formalnie podporządkowani Instytucji Audytowej. Audytorzy ci przeprowadzają audyt zgodnie ze Strategią audytu, przyjętą dla Programu przez Grupę Audytorów. Ta ostatnia wspomaga IA w wykonywaniu jej zadań. W zakresie odpowiedzialności członków Grupy Audytorów pozostaje raportowanie do IA i informowanie jej o rezultatach zadań audytowych przeprowadzonych na terenie ich własnego kraju oraz zapewnienie, że zadania audytowe wykonywane w poszczególnych Państwach Członkowskich realizowane są zgodnie z międzynarodowymi standardami audytu. Członkowie Grupy są zobowiązani do zapewnienia IA, że audyty w poszczególnych państwach przeprowadzane są zgodnie ze Strategią audytu. Rezultaty zadań audytowych przeprowadzonych na terenie poszczególnych Państwach Członkowskich zostaną wykorzystane przez IA do wypełnienia jej zobowiązań wobec KE.